なのめちゃん・なのみちゃん 響きはとても可愛らしいですが、たしかに少し似すぎているかなぁ？とも思います。
3文字で似た名前だったら、最後の字を同じにするのはどうでしょうか？(^^)

菜乃(なの)ちゃん、花乃(かの)ちゃん
音笑(のえ)ちゃん、沙楽(さら)ちゃん
衣奈(えな)ちゃん、紀奈(きな)ちゃん
絃音(いお)ちゃん、桜音(おと)ちゃん
菜瑚(なこ)ちゃん、季瑚(きこ)ちゃん
七晴(ななせ)ちゃん、雛晴(ひなせ)ちゃん
麗葉(うるは)ちゃん、彩葉(いろは)ちゃん
乃々叶(ののか)ちゃん、寿々叶(すずか)ちゃん
美昊(みそら)ちゃん、千昊(ちそら)ちゃん
日菜実(ひなみ)ちゃん、想乃実(そのみ)ちゃん
十和香(とわか)ちゃん、衣千香(いちか)ちゃん

なんてどうでしょうか…！